Meski secara resmi tercatat berdiri sejak 1981, akar sejarah Unitomo sebenarnya sudah dimulai jauh sebelumnya, yaitu sejak didirikannya Akademi Pimpinan Perusahaan Surabaya (APPS) di tahun 1961 oleh Yayasan Pendidikan Udatin College. Inilah sebenarnya embrio cikal bakal berdirinya Unitomo.
Pada akhir tahun 1966 pengelolaan APPS dialihkan dari Yayasan Pendidikan Udatin College ke Yayasan Kesejahteraan Guru (Yastra) Jatim, yang kemudian mengembangkannya jadi Sekolah Tinggi Administrasi & Kepemimpinan Perusahaan (STAKP). Nama ini diubah lagi jadi Sekolah Tinggi Kepemimpinan & Administrasi Perusahaan (STKAP) pada tahun 1968.
Dengan maksud untuk memperkuat diri, Yastra Jatim pada tanggal 01 Nopember 1974 sempat bergabung bersama Yayasan Senapati Wijaya, Yayasan Satya Negara, dan Yayasan Widya Bhakti untuk membentuk yayasan baru bernama Yayasan Satya Widya Surabaya. Namun karena perkembangan sejarah, pada tanggal 15 September 1976 STKAP mengundurkan diri dari asuhan Yayasan Satya Widya Surabaya kembali di bawah naungan Yastra Jatim.
Hingga tanggal 13 Desember 1977, berdasar SK Kopertis Wilayah VII No. 074/1/1977 nama STKAP diubah namanya jadi Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) Surabaya. Saat itu STIA sudah memiliki 2 jurusan, yaitu Administrasi Niaga (Bisnis) dan Administrasi Negara (Publik).
Pada tahun 1978, Yastra Jatim menyerahkan pembinaan STIA sepenuhnya ke Yayasan Pendidikan Satya Tatpara Adhikara (YPSTA) sebagai badan hukum penyelenggara. Di bawah naungan YPSTA inilah STIA mengalami perkembangan pesat, hingga kemudian berdasar SK Ketua YPSTA No. 35/Kpts/KPSTA/VII/81 tertanggal 25 Juli 1981 -- dikembangkan menjadi universitas dengan nama Universitas Dr. Soetomo (Unitomo). Karena isi surat ini baru diberlakukan 30 Juli 1981, maka yang ditetapkan sebagai hari lahir Unitomo dan diperingati tiap tahun ialah 30 Juli.
Sejak berubah menjadi Unitomo lokasi kampus secara bertahap dipindah ke gedung milik sendiri yang dibangun di atas lahan seluas hampir 5 hektar di daerah Semolowaru Surabaya. Sebelumnya, sejak era STKAP hingga STIA, lokasi kampus berpindah-pindah mulai dari kawasan Stasiun Semut hingga terakhir menempati (baca: menumpang) di gedung SD Negeri Jl. Pemuda 26 Surabaya. Seiring perkembangan itu pada tahun 1986 dilakukan perubahan nama yayasan menjadi Yayasan Pendidikan Cendekia Utama (YPCU) hingga saat ini.
Perkembangan Fakultas.
Saat pertama didirikan pada tahun 1981, Unitomo memiliki 3 fakultas, yaitu (1) Fakultas Ilmu Administrasi / FIA -- yang merupakan reinkarnasi dari STIA sebagai fakultas tertua; (2) Fakultas Perikanan / FP -- yang kemudian diubah menjadi Fakultas Pertanian / FP, serta (3) Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan / FKIP. Pada tahun 1983 Unitomo membuka lagi 2 fakultas, yaitu (4) Fakultas Ekonomi / FE, yang kemudian berubah menjadi Fakultas Ekonomi dan Bisnis / FEB, serta (5) Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan (FTSP) -- yang seiring penambahan jumlah prodi belakangan diubah menjadi Fakultas Teknik (FT).
Pada tahun 1984, jumlah fakultas yang dimiliki Unitomo bertambah lagi dengan didirikannya 2 fakultas baru, yaitu (6) Fakultas Sastra / FS, dan (7) Fakultas Ilmu Komunikasi / FIK (atau Fikom). Fakultas Sastra (FS) didirikan untuk menerima limpahan mahasiswa Sekolah Tinggi Bahasa Asing (STIBA) Surabaya, sedang Fakultas Ilmu Komunikasi (FIK) didirikan untuk menerima limpahan mahasiswa dari Sekolah Tinggi Publisistik (STP) Surabaya.
Kemudian, pada tahun Unitomo mendirikan (8) Fakultas Hukum / FH pada tahun 1985. Dan terakhir, pada tahun 2017 melakukan pengembangan lagi dengan mengakuisisi Akademi Kebidanan Surya Sehat menjadi (9) Fakultas Ilmu Kesehatan.
9 fakultas yang dimiliki Unitomo ini, kini secara keseluruhan membina 27 program studi. 2 program diantaranya jenjang Diploma 3, 18 program jenjang Strata 1, 6 program jenjang Strata 2, dan 1 program jenjang Strata 3.
